第一，只有国内旅客运输服务才可以抵扣进项税。国际运输适用零税率或免税，上环节运输企业提供的国际运输未缴纳增值税，也就不存在下环节进项抵扣的问题。
第二，除增值税专用发票和电子普通发票外，其他的旅客运输扣税凭证，都必须是注明旅客身份信息的票证才可以计算抵扣进项税，纳税人手写无效。
第三，航空运输的电子客票行程单上的价款是分项列示的，包括票价、燃油附加费和民航发展基金。因民航发展基金属于政府性基金，不计入航空企业的销售收入。因此计算抵扣的基础是票价加燃油附加费。
第四，除扣税凭证和进项税计算方法的特殊规定外，对于旅客运输的进项税抵扣原则，需要符合现行增值税进项抵扣的基本规定。比如用于免税、简易计税的不得抵扣；用于集体福利、个人消费、非正常损失等情形的不得抵扣等等。
第五，与本单位建立了合法用工关系的个人发生的旅客运输费用，属于可以抵扣的范围。对于劳务派遣的用工形式，劳务派遣人员发生的旅客运输费用，应由用工单位抵扣进项税额，而不是劳务派遣单位抵扣。